元始天尊，又名“玉清元始天尊”。《历代神仙通鉴》称他为“主持天界之祖”。他的地位虽然高，但在历史上的出现记载却比太上老君、灵宝天尊要晚。
在太元(即宇宙)诞生之前便已存在，所以尊称他为元始。在无量劫数来临之时，用玄妙的天道来教化众生，故而尊称他为天尊。是道教最高尊神三清第一位尊神。
元始天尊是道教上清派信奉的最高神。上清派认为太上老君、灵宝天尊、天真皇人、五方天帝等神仙皆是元始天尊所度。这是道教上清派的观点。如《真灵位业图》此类神谱只是上清派一家之言。
“元始”之名最早记载于南北朝所出的《元始上真众仙记》（枕中书）：开天辟地的盘古真人，是天地之精华，自号元始天王。天地构成之后，忽然在石涧积血之中生出太元玉女。太元玉女一出生便会说话，常游玩于大地之上，仰吸元气，号曰太元圣母。元始天王与太元圣母通气结精，而生扶桑大帝东王公与西王母，再生天皇兄弟十二人，天皇生地皇，地皇生人皇，五帝是其后裔。
元始天王位居三十六天的最上层“大罗天”中，所居仙府称为“玄都玉京”。玉京之中，黄金铺地，玉石为阶，宫中有七宝、珍玉，仙王、仙公、仙卿、仙伯、仙大夫等居于中央和两旁的仙殿中。
他生于混沌之前，太无之先，元气之始，故名“元始”。《历世真仙体道通鉴》称：“元者，本也；始者，初也，先天之气也。此气化为开辟世界之人，即为盘古；化为主持天界之祖，即为元始。”元始是宇宙生发最初的本源，为一切神仙之上，故称“天尊”。元始天尊禀自然之气，存在于宇宙万物之前。他的本体常存不灭，即使天地全部毁灭，也丝毫影响不了他的存在。每当新的天地形成时，天尊就会降临人世间，传授秘道，开劫度人。每当新的天地开辟时，都有其年号，曰龙汉、延康、赤明、开皇、上皇等等，年号之间相距长达41亿万年。齐梁高道陶弘景编定之《真灵位业图》称，紫云之阁，碧霞为城。而天尊所居第三十六天的最上层大罗天中，仙府名曰“玄都玉京”。并众神仙都要按时上玉清境朝拜元始天尊。《历代神仙通鉴》称他为“主持天界之祖”，传众仙之祖，地位极高，但具体形象的出现却比太上老君要晚。据《历代神仙通鉴》记载，元始天尊“顶负圆光，身披七十二色”，故供奉在道教三清大殿中的元始天尊，一般都头罩神光，手执红色丹丸，或者左手虚拈，右手虚捧，象征“天地未形，混沌未开，万物未生”时的“无极状态”和“混沌之时，阴阳未判”的第一大世纪。故以阳生阴降、昼短夜长的冬至日为元始天尊的圣诞。
至南梁时，上清派宗师陶弘景所著的《洞玄灵宝真灵位业图》中始有“元始天尊”之号。该书将天地宇宙中的神灵共分七阶。第一阶玉清境的中位即最高位：“上合虚皇道君，应号元始天尊。”这既正式确立了元始天尊在茅山上清派乃至整个道教体系中的独尊地位，又通过称元始天尊“上合虚皇道君”，从而使得早期上清尊神高上虚皇道君等的地位得到保证。但是书中又有一“元始天王”，列为第四中位左位第四神。
宇宙论
道教宇宙起源说
《清微三品大乘度劫真经》：现今宇宙生成之前，虚无之里寂寞无表。无晶无光无经无维。虚无的本源是道，道产生了物质的基本，道贯通物质的内外，本身就具有无限的创造力，在无限里永恒存在，他是道的基础，绝对的真实，生命之本，自然的灵魂。是一切物质的主宰和本源。在穆斯林的心中，他就是真主安拉。在旧约圣经里，他就是上帝耶和华。在印度教里，他就是梵天，在中国文化主流的思维里，他的形象就是元始天尊。在萨满教里，他就是长生天。元始造物立心，先天始兆。于空瀚之中，玄虚之处，消息化机，氤蕴融熔，阴阳五行造化其形，万神开始生于无极之中，时玄景未分，在空洞之际，天光冥远。浩漫太虚中，物化盈亏相生相克，若浮若况，五行分更，倘恍渺忽，汨没纷纭，先天神祇飘荡无凭。万物销铄咸灭。时无极圣众、真神仙佛、祖玄高真，一切不坏法身，遇此劫会，被混沌销铄，渐丧其神。如果神形互化，就会永失无存，拔尽本根。万众只有仰靠元始祖尊开创新宇，托付真身。
道教宇宙形成论
道的实现者－元始祖尊怜悯万世苦行，累劫良因的无极圣众，于是现运神通，摄众圣道，藏于万气祖根里，纳于粟米之中，于无极的收束之中，六电之气翼其真，祖气护养润其神，积七千余劫，太极经咸应度，新的宇宙形成，无极圣众始布满太极。
道教造物主论
《易经》：“大哉乾元，万物资始，乃统天。”元始祖尊在宇宙万物产生以前就已经存在，他的本体是永恒的，不灭不坏的。即使现今宇宙毁灭，也丝毫不受到影响。元始祖尊宏威微妙，化虚无成万象，慈爱有情，运阴阳养万物。万物繁盛，始有盛衰的过程，推陈出新。因为他的演化，宇宙星空方能形成。六合之内，五行（金木水火土）元素相辅相成，万千世界千姿百态，我们这些生物，全靠他在天天牧养。他就是道，就是我们的根，亿万灵性最终的目标，就是回到元始祖尊的源，参与万千世界的共循环。现今宇宙是从无极中收缩后爆炸膨胀中来。光阴如梭，膨胀经过八表之外，渐渐始分。各种物质相斥相吸，逐渐成为奥瀚微妙的太极世界。
道教宇宙论
现今的宇宙在大爆炸以后以临界速度膨胀，经过变化，宇宙内形成了无数的星系，在无穷维度的空间。现今的宇宙仍在膨胀，无极圣众领悟无限深奥的演化，成为宇宙中时空和物质的主宰，而他（她）们的力量已经能够渗透无穷的时空，随意构造变化任何物质，于是幻化成完美的神人形象，形成以玉皇至尊为主的团体，服从元始祖尊的意志，在浩瀚广漠的宇宙中创造生命，播种智慧，陶均万品。
大罗天形成论
形成元始祖尊与不同时空的诸圣天尊，游历于洪荒宇宙，创造神祇最佳的生存环境“大罗天境”六合三十六天三界乐园，元始祖尊与混沌宇宙的祖母，宇宙最奥妙美善的无极圣祖太元圣母用了约一百劫的时间，开辟了新的时空，营建了玄都玉京圣界，以便氤氲智慧，度化天地精华。道教谓玄都玉京由十二个过程建成。
是时无天无地，幽幽冥冥，灵文暗睦，运推自来，为万气之根，空洞结真，气清高澄，成天广覆，倏刹自玄。
是时二象分仪，开张厚载，一时成型。
是时三千六百日月，一时同明，照耀诸天，无幽不砌。
是时上圣大神妙行天真，无鞅数众，朝礼玉庭，玄行太空，赞咏灵文。
天发自然妙乐，百千万种，一时同作，激朗玄宫，上庆神真。
百咏空生，十方宫商相和，皆成洞张。
璇玑停关，星宿不行，天无昼夜，四运齐晨。
紫云吐珲，流丽诸天，一切万物，普受光明。
春夏秋冬，不暑不冰。气流柔和，神奇兴盛。
五镇安立，玄教无穷。
是时玄下七宝神奇，以散诸地，资生兆民。
七宝奇林，一时空生，光明垂荫，弥覆十天。玄景始分，化为九气，成为九真皇，居于三清境，三清境各置八帝，成为三天二十四帝。后来，东王公、西王母从气而化生，各置宫第，于是又有了营卫职官。
生命论
生命起源
混元之时，元始祖尊于虚无之中，基七耀三恒，秉天然之胤，结成未回之霞，运混沌合鸿蒙溟熔。博览执臻，过数劫，终成圆体天球。经三万度，由子入丑，大气初凝。玄风渐鼓，最初的地球大气层中充满尘埃，天水地火不相容。元宰陶钧，凝结浑灏，环转周旋，如是轮转，经三万度，无所停息，转转不已，渐次陶钧，阴阳初判，混沌始清。大气层中尘埃累落渐结为地。维重为浊，纲维八极，粗者为峙，清者为流。靡终靡极，或载或成，无疆之化，天地成能。
在开天辟地的过程中，天地的运行瞬息万变，扑朔迷离，元始祖尊与玉皇、斗母、东王公、西王母等祖尊显示出无穷的法威，无所不在的主宰力量，运驱阴阳二气，造就江河湖海。地球的磁力场、大气层、电离层也在众神尊的衡制下，挡阻了宇宙射线的绝大部分，地球两极开始定位，自转稳定。有利于产生和保护地球将有的生命。元始天尊于是在大罗天境玄都玉京里筹划生命存活的纲领。
古时，元始祖尊在大罗天境，玄都玉京中。放无极光明。照无极界，聚集无极圣众，诰示无极圣灵：“将于太极世界成就真善美乐的智慧，孕育以众神为模体的生灵”。众神无比欢喜，都以无比崇敬的心情颂咏天尊：“天地玄宗，宇宙本根，包罗天地，养育群生。万神朝礼，誓忠精诚。坚决拥护”。于是元始祖尊在太易纪中于本体里分化大道根源，大道灵魂的九庆紫元，分化成灵宝天尊。
生命形成
在太易纪里，灵宝天尊御衡万物之生机，钧调配制，于万千无机分子内和成了有机分子。一切生物都起源于最初的有机分子。这种有机分子太小了，肉眼看不见，几乎没有，所以取名为几。几这种有机物飘进水中，得水而活，膨胀变长，然后断裂繁殖，所以起名为断。断是最初的微生物，经过几亿年的演变，形成了千姿百态的生物世界。
生命发展
生命要进步就要顺应大自然的规律，诸多古纪的生命形态因难以适应地板运动和气候的变迁而灭亡。直到晚三纪哺乳动物动物时代，五百万年前灵长目动物古猿出现。他们的大脑虽比猩猩大不了多少，但已是用后腿行走。古猿为适应生存而使用工具，最后发展到制造工具的猿人，语言的沟通使猿人从条件反射、本能生存进化到产生思维。思想使猿人进化成智人。根据物竞天择，适者生存的规律，聪明的动物有更多的机会活得长久，将他们的基因和生存本领传给下一代。到距今十万年时，人类大脑质层增加厚度，成为发挥天赋本能超越一切动物的半神。《灵宝经》：“天上混无分，天气归一身，善成自然人。”这都源于一点道的自然灵性。
生命意义
道德天尊是大道在世间传播的始祖，他的慈爱化被万方，促进天地生机勃勃，他的本体就是元始祖尊。他的意志就是大自然变化的法则，规律。天地的秩序。大至宇宙天地，日月山河，小至花草树木，昆虫泥沙。无有不受他的恩泽的。他的恩惠网罗万象，无穷无尽，世间文明都是由他派生并发展演变而来。
《南华经》言：自然全体弥漫着生命，这种从盎然生意化为创造神力向前推进，即能巧运不穷，一体具化，恰如优雅的舞蹈，勃力内转而秀势外舒。自然是一个生生不已的创作历程，而人则是这一历程中参赞化育的共同创造者。所以自然与人可以二合为一，生命全体更能交融互摄，形成广大和谐（流沙河所著《现代版庄子》）。在道德世界中，古猿从自然世界进入人类世界。人类世界是思想和组织的世界，是储存起来的知识。肉体凡胎内寄托着魂魄。魄是气质、精力、体魄，动物属性，靠食物转化能量增强，产生欲望。魂是天宇大地灵气的结合，是父母精血，是人体内五行相生，相互运动产生之精华，情义属性，最终目的是茁壮升华，回归宇宙大一统的物质属性，魂魄相互影响制约。大自然造了人，人就是小自然。人体秉承魂魄运动生命，魂魄与大自然互相感应，同步循环（《智圆行方》）。当人的精神把灵魂引向无限美好的时候，我们的精神回归宇宙的整体，我们的灵魂与宇宙在一起运动。我的分子在宇宙的和谐中，我变成了千千万万的宇宙分子，这些分子有我的基因，我的存在，与广阔无限的宇宙结合，我的分子成了永恒的。凝聚时又成回舒适快乐的精神。依聚在宇宙的根源，大道的光明里。道的根源是无穷无尽的，他的本体智慧形象就是元始天尊。
秩序论
天地秩序论
太极界秩序的开端，人为万物之灵的半神，累劫经生，灵魂不知何去何从，无由解脱。灵宝天尊悯咸忧测，于是五行聚精，化五方五老梵气天君建宰五方。阐演灵章运化乾坤，以拔度天人利济群品。燮理阴阳，化形十方救苦天尊传玄文心印，广布阎浮流传浊界，建筑冥刹，以挽救幽魂。设九狱护卫人道。九狱分别是：酆泉狱主摄天魔、衙泉狱主摄不职典祠、黄泉狱主摄山魈精魅、寒泉狱主摄江湖水怪、阴泉狱主摄血食邪神、幽泉狱主摄山林毒恶、下泉狱主摄古伏尸、苦泉狱主摄师巫逆鬼、溟泉狱主摄刑亡横死。
开上清境益证神仙，以衍无疆，广被遐裔（《太上洞玄救苦拔罪经》）。
这伟大事物的存在全赖灵宝祖尊的开启。在这其间，灵宝祖尊几历坚辛，慈善有情，无怨无悔地关怀护爱着人类。这时，元始天尊考虑到人类要生存发展，必需正确运用智慧，有秩序系统地生存，以使生存环境不会枯竭，使人的灵魂最终可以快乐、安详、轻松、舒适、完善地回归时空之源，参与宇宙共循环。成为帮助玉皇天尊平衡六合的神明。于是元始天尊在太初纪里分化，成为道德天尊。也就是说，灵宝天尊是太极秩序的创造者。
人类秩序论
人的行为自己决定，并为其后果负责。当欲望影响思想去实施丑恶时，就会在灵魂中形成恶执，使灵魂污秽暗浊，当肉体机能停止时，灵魂就会分解，在异时真空的压强里被渗透挫磨。直到灵魂浊坏因子消磨除尽。作恶越深所受挫磨越重，时间越长久，灵魂越痛苦。灵魂浊坏因子消磨除尽后，才可回到冥府继续修行上升三界的知识。灵魂从父母精血，母亲孕育，环境培养造就，代代相传。因此优生优育，善待孩子，正己复礼，孩子的未来才有光荣与幸福。自己的基因延续才有价值。道德祖尊揭开了文明的篇章，他使人类从个体生存转向社会生存，并使人类的动物原始性规范于社会伦理化。引导人类走向光明。他是宇宙三界的奠基者。但是在社会群体里，人与人的动物欲望在交织、碰撞甚至厮杀着。弱肉强食，幸福与痛苦并存，人在欲望斗争中走完人生。在这令人眩目的过程中，团体欲望的高度冲突随时可能毁灭社会。为了防止可怕的暴欲产生引发灾难，道德天尊与玉皇携手不同时空，玉皇成立太极界六合八表，三界十方，四生六道最高政权，管理三界的运行，神仙佛圣，精灵神仙的走向。道德祖尊和祖尊圣者则在世间流传下道德伦理，使人的性情，欲望在道德的旗帜下逐渐聚集起来，将人的欲望进行社会善恶标准的划分。对哪些有害社会的思想与行为采取不同形式的压抑和监控。这样，一个三角形的稳定结构在社会上树立了起来，这就是天理、国法、人情。