想要提前把《物种起源》搞出来，并不全是为了刷声望玩儿。更重要的是要让自己此后的一些行动，有理论上的支持。在很多人眼里，理论这东西似乎没什么大不了的。但是这种东西在历史上，却往往有着刀剑也无法比拟的力量。如果没有牛顿的三定律，就不可能有瓦特的蒸汽机；如果没有蒸汽机，就没有工业革命。自然科学方面的理论是这样，社会科学方面的也一样。如果没有民族主义的理论，如果没有启蒙主义的思想，资产阶级革命的道路也会艰难得多。
在人类历史上的那些划时代的，影响深远的理论中，《物种起源》是相当的有意思的一部。它需要的前置知识不多，相对容易弄出来，只是各种证据的收集需要很多的人力物力。而这在郑森这里，问题都不大。更重要的是，这个理论无论在自然科学领域，还是在社会科学领域，都可以做很多的延伸。尤其是在社会学领域的延伸，很容易就能和民族主义，和进取精神联系在一起。而这，正好可以用来给自己的人马洗脑，绝对是增强战斗力的利器。
除此之外，想办法将“物竞天择，适者生存”的思想，用“天行健，君子以自强不息”来进行合适的包装，却是最容易打动那些中二期的青年，中年，甚至是老年。这样激烈的思想在中国的传播，当然会给自己带来激烈的反对者，但也能给自己带来激烈的支持者。而这些支持者对于郑森的事业可能会非常有帮助。
为此，郑森甚至讲很多的工作都丢给了郑芝凤，和贝尔一起在书房里忙碌了差不多一个月。终于，一部划时代的巨著完成了。这部作品的体例基本上照搬来历史上原本的那部《物种起源》，整部著作分成了三个大的部分。第一部分讲生物的各种变异，包括家养变异和自然变异，以及生存斗争和自然选择。在这一部分中，全书的主体和核心，生存竞争和自然选择的原则被建立了起来。第二部分则是站在反对者的立场上给进化学说提出了一系列质疑，再一一解释，使之化解。第三个则用以自然选择为核心的进化论对生物界在地史演变，地理变迁，形态分宜，胚胎发育中的各种现象进行了令人信服的解释。
然后，郑森一边安排将这部作品的白话版本刊印出来，分发给模范军各部学习；一边将这本书的第一部分的一些提要写成文言文，然后寄给一直和自己保持着密切的书信往来的方以智、顾绛、夏允彝、陈子龙等人。
……
“密之兄如晤：
夫泰西之俗，不以远游为苦。自麦哲伦氏环球之后，颇有效之者。弟与数年前遇一泰西人，曰贝尔者，乃泰西博物学家，以研究寰球草木虫鱼之异同为事。其志必欲编写一天下博物志，尽载天下各大洲之各色物种。弟以为其志颇类神农大禹，甚壮之。乃发数百金助其行。
上月初，贝尔氏环球而反，以其笔记示余曰：‘此吾数年之所得，我于此得万物变化之理矣！’……
其理之一曰‘生存竞争’，一曰‘自然选择’。所谓‘生存竞争’者……
弟郑森顿首”
方以智将这封长信放了下来，对顾绛道：“宁人兄，你如何看着进化论？”
“这东西直接涉及的草木虫鸟之类，我所知只怕远不及密之兄。不过我看他的这些论证，依着他以前寄给我的一些因明规则之类的东西，加以考核，至少我觉得他在论证的时候是可以自圆其说的。此说能不能立得住，主要就要看他的论据立不立得住了。这个方面密之兄比我在行多了。其实这东西我最关心的倒不是猫和老虎是不是有一个共同的祖先发展而来，而是它在人事上的推演。”顾绛缓缓的说，倒是颇有点忧心忡忡的样子。
“在人事上的推演？”方以智听了，微微思考了一下，便不由得悚然而惊。
“宁人兄是担心此说一出，弱肉强食便有了道理了？”
“不错，密之兄，这便是我最为担心的。我担心此说一行，则人皆为禽兽了。偏偏此说的论证又极为严密，所言皆可考察，可验证。若是这些证据没有问题，几乎就是不刊之论了。密之兄，天道人道本来就有相通之处。就像大木当时所言，人道之学，盖本于圣人的天之授。也就是说，人道本于天道。此文发见如此天道，难保别人不乱做引申，若如此，忠恕之道危矣！”顾绛顿足叹道。
方以智并没有立刻回答，而是想了一想，突然展颜笑道：“这种学说，的确有宁人所说的问题。不过宁人所言却过了一点。其实若有人以此反对仁义忠恕之道，宁人兄大可以以其人之道而制之。”
“哦，不知如何制之？密之兄可要教教我。”顾绛听了，赶忙道。
“前些日子，我和大木通信，向他学几何之学。从他那里学到了一套被称作反证法的方法。宁人兄和大木都对因明研究颇深，这法子想来也是知道的。”方以智道。
聪明人有一个优点，很多时候，一些东西，你只要刚刚提了一个开头，他便能一下子领悟你的意思，甚至于做到闻一知十。方以智只是提到了反证法这三个字，顾绛立刻就反应过来了。
“密之兄，你是说若是行禽兽之道，不仁不义才能有成。那么如今自古以来的盛世必定都是骨肉相食的时候了。嗯，这样说不是没有漏洞，硬要找的话，漏洞还不少。不过倒也并不是不可弥补。嗯，你说大木他可发现自己这东西有这样的问题？”
“以大木的聪慧，怎么会察觉不到这样的问题？”方以智道，“说不准他也在为此为难呢。所以才丢出这么个不全的东西给我们，看我们有什么想法没有。”
“我想也是。这个问题极为重要，若是不搞个清楚，怕是睡不好觉了。写信给大木，一来一回，一两个月才有一封信，真是能把人都急死了。”顾绛跺脚道，“可惜神怪故事里的飞剑传书没地方可学。这个大木也是可恨，请上一个假，跑回家去，就死也不来了。也罢，他不来，我便去福建找他去。密之兄可愿意和我一起去一趟？”
“我倒是没什么不可以的。”方以智回答说，“反正福建也不算远。只是马上就要乡试了，宁人兄不是还要备考吗？”
“备个什么考！”顾绛道，“自家学问、德行一大堆的都没搞明白，还去参加乡试做什么？以己昏昏使人昭昭？自己揣着个糊涂装明白，然后去糊弄，不，是去害天下百姓？我自己的学问德行未有所成之前，是断然不去参加科考了的，省得害人！”
方以智听了，大笑起来，道：“宁人说得好！只不过宁人你要都算学问德行无成，这天下戴着乌纱帽的人里头，有几个是学问德行有成的？他们岂不是都是在害人吗？”
顾绛昂然道：“难道不是吗？若不是这帮子家伙害人，天下能是今天这样子吗？这帮子家伙，要么没学问，不知道天下如何才治理得好，只是因为背古书，然后胡搞一气，最后劳民伤财。要么就是德行差，一味地之为自己着想，专门想着损公肥私，最后自然也是害人，更不提还有又没学问，又没德行的……”
“宁人兄骂得痛快，当浮一大白。”方以智道。
“痛快个啥？我骂他们是骂得痛快，但是密之兄您要是问我一句‘可知道天下如何才能治理好？’我顿时便要哑口无言了。其实骂他们不过是骂自己罢了。回想一下，我当初刚进学的时候，明明什么都不懂，却觉得治理天下易如反掌。幸亏一直没有考上举人进士，要不然就真是要变成害民贼了——密之兄什么时候有空，我们一起去一趟福建。”
“什么时候都有空。”方以智笑道，“只不过你要给我几天时间，安排些杂事，也和一些朋友告个别。另外提前给大木写封信，免得我们跑去了，他又不知道跑到哪里去了，我可没有王子猷的风度。另外大木说过，福建山多，陆路难行，其实坐船最为方便，也最快。他自己来南京回福建，都是先乘江船到松江，然后再改海船去福建的。宁人兄身边也没人帮着处理这些杂事，这买舟（其实是租船的意思）的事情，也就包给我好了。”
顾绛笑了笑道：“如此，有劳密之兄了。”讲起家族背.景，手里的钱财，他的确是远远赶不上方以智的。
不過在那個時代，出一趟远门，确实是一件麻烦事，需要准备的事情很是不少。庄子说：“适千里者三月聚粮。”方以智家里有钱，自然用不了三月之久，但是乱七八糟的准备起来，也花了差不多一个月。而且等到出发的时候，顾绛一上船，才发现，船上还多了一个人。