某个夏日，侦探团集体出动，搭上千钧的车，前往海滩冲浪。其实，小五郎想要钓鱼，就带着小兰一起来了。到了海滩后，小兰带着5个孩子抬着气垫船兴奋地呼喊着向海里冲去。千钧独自到海里潜水，毛利留在岸边钓鱼。千钧在水下看得清楚，小兰等人用力划船，迎着海浪向远处驶去，划船的主力自然是小兰和元太，大家身上都穿着救生衣。
孩子们和小兰笑闹之际，对面突然开来一艘快艇，飞向气垫船撞去，大家出惊叫。驾驶快艇的是个带着墨镜皮肤黝黑的嚣张男子，他身边站着一位容貌姣好穿着淡紫色泳装的美女，也蹲下身尖叫。于是，气垫船就这样倾覆了，小兰和侦探团集体落水。男子将快艇开回来，看着从水下浮上来的众人，摘下墨镜，哈哈大笑，“抱歉，抱歉，你们没事吧？我刚才在看旁边，没有注意你们。”
于是，大家搭上了男子的快艇，将气垫船绑在快艇之后，高驶离这里。孩子们第一次坐上快艇，兴奋地尖叫。步美说，“好舒服啊！”元太也嚷嚷，“这个暑假好棒！”光彦笑道，“我们这次来海边度假真是太值得了！”文乃也说，“幸亏我们强行搭上了怪哥哥的车，嘻嘻……”大家都笑了，柯南好笑，这帮家伙。
冲浪的男子叫春日辉彦，春日财团的大少爷，春日财阀在上流社会还是有些名气的，当然绝不可能跟铃木家相比。碧蓝的海水，光芒点点，向远方无限延伸。小兰道，“我们是不是给你添麻烦了？大家都坐上来真不好意思。”辉彦说人多点才有趣。那位泳装美女是春日的女友，名叫小忍。小兰称赞，“你们还真叫人羡慕啊！跟自己喜欢的人到这里潜水真好。”
辉彦却说，二人地位相差太多，以后是什么结果谁也说不定。小忍的脸色很难看，“我可是真的……”辉彦冷笑，“你就说实话吧，小忍！”柯南有些奇怪，“这人搞什么鬼，跟女朋友这样说话。”小忍有些黯然伤神。柯南突然问小兰，“毛利叔叔到底去哪里钓鱼了？”小兰摇头说不知道。
突然，一个身影从水中飞跃而出，轻轻巧巧蹲在快艇尾部。大家都吓了一跳，原来是千钧现大家上了快艇，就趁着快艇开到身边时跳了上来。千钧大笑，“毛利叔叔说要去这附近最大的池穴钓鱼。”小兰也想起来，“今天一大早，爸爸就到处找各种工具。”大家抬头看，现海边钓鱼的人很多，显然没有小五郎，“应该是到海边的池塘去了。”
春日辉彦问起这个怪人是谁，千钧也不认识辉彦，但是春日社长却是见过。等互相介绍完，辉彦这才知道千钧的身份，对他贸然上船的不满化为乌有。小忍惊叫道，“原来你是横野集团的公子。”一听这话，千钧浑身都起鸡皮疙瘩，“小忍小姐，拜托你别这么称呼好吗？你直接喊我名字好了，要不然叫我千水也可以。”小忍觉得千钧没什么架子，人也很爽快，就主动攀谈起来，有美女主动搭话，千钧自然大为兴奋。春日辉彦的眼睛闪过一道寒光。
池穴，小五郎独自垂钓，“来了，来了，真是大丰收啊！”说话间毛利又钓上一条大鱼，这已经是第6条了。小五郎丝毫没注意到，外面的围栏挂着牌子，上面写着“禁止入内”。另一边，大家回到岸上，都去换了泳装，千钧说要带大家去游泳。小兰换好黑色的x感泳装后，跑去找小忍。小忍不在，辉彦却说小忍闹了别扭不知道什么时候离开了，“她常常这个样子，你们别放在心上。”柯南暗道，“让她闹脾气的人明明是你，这个人还真是奇怪。”
千钧暗自摇头，“这么漂亮的女朋友，都不知道珍惜。”大家回到休息处，毛利从外面兴冲冲回来，“大丰收，大丰收啊！”大家一起观看毛利的箱子，孩子们称赞好厉害，小兰也说老爸的钓鱼水平大有长进。千钧疑惑，“大叔，这个钓鱼的地方在哪里？”步美也说，“我也想钓钓看。”小五郎道，“这可不行。”文乃问，“为什么？”毛利笑道，“因为那是一个钓友偷偷告诉我的地方，这可是我们之间的秘密。”
小五郎将鱼箱搬走了，元太不喜，“这样一点都不好玩。”随后元太提议来玩沙滩排球，光彦赞成。步美和文乃喊柯南一起过去。而柯南在看大叔的钓上的鱼，里面有石鲷。小五郎瞪他，“那又怎样？”柯南笑道，“没什么啦。”千钧低声询问，柯南说，“既然不是海边怎么会钓到了海鱼呢？我看八成是钓鱼场钓的。”千钧摇头，“肯定不会，我猜他是在附近海水侵漫的池穴钓上来的。你想想看，大叔那么吝啬，怎么舍得花钱去钓鱼场呢？”柯南一愣，“也对，他宁可拿钱去买酒……”
说着这话，小五郎打开了一罐啤酒，哈哈大笑，“我毛利小五郎，这满肚子的才华可不只是会做名侦探而已。”柯南讪笑，“是满肚子草包吧！”春日辉彦震惊，“毛利小五郎？”毛利奇怪这个茶色头的深色皮肤男子是谁。千钧笑着给双方做了介绍，春日辉彦有些慌乱，眼神飘忽闪烁。随后柯南被文乃强行拉走去海滩玩排球，千钧约了小兰一起下海潜水，小兰今天真的好漂亮，与美女同游，千钧认为也是种享受。
沙滩上，元太用力过猛，再次将球打出界，只好跑过去捡。元太在沙滩上现一个漂流瓶，瓶里有一张纸，就带了回来。柯南找到刀子将瓶子割开，光彦道，“不知道里面写了什么？”元太憧憬，“会不会是藏宝图？”步美笑道，“这好像电影跟小说的情节。”柯南取出纸条，打开一看，文乃叫到，“是sos，这是求救信。”柯南更现下面的落款，“小忍”。
侦探团大惊，步美有些害怕，“小忍姐姐怎么会求救呢？”元太道，“还是被海水漂流过来的！”春日辉彦听到大家的声音，从旁边走过来，笑道，“我还以为她已经回去了。原来这个女人还在这里。”柯南问他为什么这么说，春日说小忍经常搞这种恶作剧，“为的就是让我担心，这个女人还真是伤脑筋。”小五郎躺在不远处半醉半醒，“伤脑筋？马上就要满潮了。我看我就再去一次好了。”
小兰和千钧游泳回来，换好衣服走过来。千钧接到静杨的电话，忙着接受质询。小兰对着侦探团大喊，“海边太危险了，不能到海边去了。”孩子们答应一声。回过头，却开始私自商量。步美道，“如果真是小忍姐姐求救，就糟糕了。”元太提议，“既然这样，我们去看一看好了。”光彦皱眉，“可是去哪里调查呢？如果她在无人岛上，那就……”柯南摇头，“不对，时间上来说是不可能的。这张纸还没有被太阳烤干。”文乃道，“那就是说，小忍姐姐一定在离这里不远的地方。”
柯南随后提议让千钧帮忙寻找，可是侦探团直接否决了这个提议，打算依靠自己的力量来解决。柯南无奈，只好叮嘱小兰，绝对不要让春日辉彦离开视线。小兰疑惑，“这是为什么？”孩子们一起鞠躬，“这件事就拜托了！”然后一起跑走了，小兰大喊，“等一下，你们要去哪里啊？”小五郎突然来了精神，“我就再去挑战一次。”春日辉彦走过来，“我就跟你一起去吧，毛利先生，我早就知道了，是那个池塘对不对？附近这一带我可玩得不能再熟了。”说话间，辉彦拉着小五郎晃荡着离去了。
小兰跺足，“爸爸，我们该准备回去了……气死我了，你们大家怎么都这么任性啊！”千钧在忙着解释今天突然去海边的事情，静杨她们几个自然不爽，认为他一定又在趁机偷看美女。远处走来一位戴草帽的老头，收拾海滩垃圾，嘴里埋怨着，“最近年轻人啊……”柯南挥手打招呼，老爷子看到侦探团大为恼火，上前夺走柯南的瓶子，“你们做什么海水浴，又搞潜水的，把我们的海都弄脏了！”
柯南等人只好打断这个喋喋不休的老头，问他瓶子是从哪里漂过来的？老爷子还是告诉了侦探团大致的方向。孩子们就出了，元太独自背着气垫，腰上挂着拾贝工具。光彦问，“元太，你带那个干什么？我们可不是要趁退潮到海边玩！”元太恼怒，“要你管，我才是团长。好不容易到海边来，不带点蛤蜊、文蛤、九孔什么的话，怎么能回去？”步美嘲笑元太就知道吃，文乃替他解围，“抓到的话就吃吧！”柯南真的后悔了，“我看你们想到的只是玩吧！”
大家向前走，步美差点掉到岩石溪流中，幸好元太和光彦抓住了她。光彦提醒她，马上要涨潮了，要小心点。这时，孩子们在前面的岩石洞穴中现了小忍，她躺在里面不动。柯南急忙催促大家赶快把气垫船充气，马上要涨潮了。随后大家坐上去，向里面划去。来到跟前，大家唤醒了小忍。见小忍没事，还活着，大家都松了一口气。柯南急忙询问怎么回事。
原来，春日辉彦故意骗小忍去玩潜水游戏，辉彦说满潮的时候有个洞窟会消失在大海里。他们就来到这里，小忍喝下辉彦递来的饮料，就突然好想睡觉，爬在地上动不了。春日辉彦就拿起潜水用具，开快艇离开了，小忍趁着最后清醒的时刻，用饮料瓶出求救信号。柯南判断那个饮料里面加了安眠药，春日辉彦想要制造意外让小忍死亡。小忍在溺水死亡的时候，他肯定有不在场证明。他故意撞翻大家的气垫船，跟小忍吵架，所有这一切都是他的计划。
小忍难过，“为什么？”柯南笑道，“这是警察的工作，我们快点离开去报警吧！”文乃现潮水已经涨进来了，大家急忙上船奋力向外划去，可是一个大浪打过来，将船推回到里面，撞到石头上，气垫船报废了。大家只好匆忙下船离开，这下子侦探团真的害怕了。柯南暗暗叫苦，“现在海浪这么大，根本不可能游过去。而且身边还有一个意识不太清楚的小忍。”
步美焦急，“怎么办？”文乃也有些哭泣，“谁来救救我们？”元太嚷嚷，“我还不想死。”柯南让大家冷静点，先不要慌张。然后马上从救生衣的口袋里拿出侦探徽章，拼命呼救千钧。千钧挂断电话，现人都不见了，就独自在岸边高处欣赏涨潮的景色。腕表传来柯南的呼救，千钧听完后，大惊失色，“有没有搞错，你们去救美女，怎么不喊我？我最喜欢英雄救美了！”柯南火大，“笨蛋，都什么时候，你还想着美女，快点来救人！”
千钧也知道事态严重，“我马上过去。不过，情况有些不妙，你们先往高处避一避……”柯南结束通话，让大家不要担心，千钧马上就过来。步美生气哭道，“说起来很容易！”光彦也说，“等海水把这里填满的话……”元太大吼，“我们肯定就要被淹死了。”文乃也道，“等怪哥哥过来，只能替我们收尸了。”柯南知道大家说的不错，千钧不可能立即出现，而且就算他过来，大家怎么离去呢？
步美现了萤火虫向洞窟深处飞去，柯南也奇怪，萤火虫对水流方向都很挑剔的，这个一天会被海水填满2次的洞窟，“怎么会？难道……”只有一个原因，洞窟那边还有一个出口，萤火虫是从那里进来的。柯南认为事到如今，只能向里面逃了。步美急忙提醒他，如果里面的出口，人是不能通过的话，大家就是瓮中之鳖了。元太看了看自己的身体，“柯南，我们可不是萤火虫啊！”
柯南解释，千钧曾经说过小五郎的鱼是从池穴钓上来的，而毛利叔叔钓到的石鲷比淡水鱼大很多，身体也没有伤痕，可见出口没那么小。那些鱼就是黎明前满潮的时候，从大海的方向游入洞窟，水满后，鱼就过去了。叔叔就在另一个出口处钓到了石鲷，那个池穴一定很大，所以不在海边也能钓到海鱼。千钧还告诉过柯南一件事情，通常而言，人的脑袋能挤过去的缝隙，身体也是可以挤过去的，只要缝隙不是完全曲折的。
侦探团大声称赞柯南真有一套。继续待在这里肯定会被淹死，大家相信柯南是对的，于是决定去试一试。顺着洞窟向里走，步美尖叫，大家急忙询问，原来只是上面的水滴落在步美身上。大家都松了一口气，光彦道，“我还以为是什么呢？”元太也说，“你不要吓人好不好？”步美有些羞涩，“对不起！”大家继续前行，很快就迷路了。
元太着急，向前乱闯，结果撞到了石壁上。柯南建议大家跟着萤火虫前进，只要有萤火虫的地方就可以通到入口。侦探团分头寻找萤火虫，小忍逐渐恢复过来，大家一起出动。元太、光彦、文乃、小忍纷纷通报没有找到，还好步美顺利找到了萤火虫，柯南下令出。走之前，柯南用徽章通知千钧，千钧抱怨，“真是的，我已经到了洞窟外面了，还准备了快艇。”柯南苦笑，“现在回头是来不及了。你到大叔钓鱼的池穴接应我们吧！”千钧无奈，只好潜水离去，登上快艇驶往岸边。
侦探团继续前行，走到了岔路口，面临二选一的抉择。这次没有任何萤火虫了，侦探团陷入困境。这一次，柯南使用了投石问路的方法，利用回声来判断是否有通路，回声大的话就是死路，逐渐变小表示前面还有通路。水流逐渐进入，侦探团艰难前行。在一个宽阔的地方，听到了群鸟飞鸣的声音，柯南认为这些鸟是为了寻找食物进来的，现在正在朝着入口飞离而去。
柯南带着大家急促奔跑，情况非常紧急了。飞鸟离去了，侦探团没能追上，大家有些沮丧。小五郎和春日辉彦却在池穴被突然飞出来的鸟群吓了一大跳，大叔见春日在看表，春日说马上就要到满潮的时间了。岸边，小兰气急败坏地收拾行李，嘴里抱怨着这帮任性的家伙。突然，她想起柯南的叮嘱，让自己看住春日辉彦，“不好了，我忘了！”清理老头走过来，叮嘱小兰把东西都带走。小兰急忙问他最大池穴在哪里？
这时，洞窟内的侦探团走入死路，最大的希望柯南，也束手无策了，侦探团惊叫出声。此时，潮水汹涌而至。呼啸而至的海水将众人向深处冲去，瞬间孩子们的惊叫声、呼喊声响成一片，小忍也被激流冲走。很快，大家的手电筒也掉了，四周漆黑一片，步美和文乃尖声惊叫。在不知不觉中，大家被水流冲到了洞窟的拱形上方，海水开始涌向另一个出口。但是，所有人都无法分清上下左右了，柯南看到了亮光，出口就在眼前。
小五郎和春日也看到了汹涌喷的涨潮海水，不少海鱼掉落在岸边，小五郎大喜呼喝。但是，水流突然停止了。小五郎奇怪，春日辉彦却悄悄拔出了身后的手枪。原来，元太太胖了，救生衣堵死了洞窟狭窄之处。侦探团再次面临绝境，柯南情急之下，取下元太身上的拾贝工具划破了救生衣，元太被巨大的水压冲过狭窄出，大家顺水而出。小五郎爬到洞口附近倾听里面的奇怪声音，元太很快就跟毛利来了一次亲密接触，二人惊叫着一起掉到池穴中。
随后，顺着高的水流，柯南、文乃、光彦、步美依次冲出来，最后是穿着泳装的小忍。大家从水中浮上来，大口喘气，刚才差点憋死，终于得救了。看到小忍也浮上来，春日脸色剧变。小五郎也上来，“你们怎么回事？怎么会到这里来？你们到底从哪里冲过来的？”孩子们向上爬去，事实证明柯南的推理是正确的。
这时，春日辉彦手持手枪绑架了步美，“我早就想到可能生这种事情，真被我料中了。”孩子们惊叫，小五郎大怒，“你到底想干什么？”春日举起手枪，柯南急忙道，“你要是开枪的话，精心策划的意外就白费了！”春日冷笑，“小鬼，你以为我不敢开枪吗？我对付你们有足够的子弹。我可是合法持有枪械的人员。”春日将枪口抵在步美头上，步美惊恐大叫。小五郎和小忍都让他住手，小忍恼怒，“你真正想杀的人是我，跟那个孩子没有关系。”
春日气恼，“这件事都怪你，你从世界上消失就没事了。”小忍问他为什么要杀自己？原来，春日辉彦的父亲给介绍了一位富家千金，并且已经顺利订婚。“我可不想离开家，跟你贫苦一辈子，我宁愿一辈子做我的大少爷。”小忍恼怒，“你太过分了！”柯南也很生气，千钧为何还没有赶到，再这样下去大家就都没命了。春日哼了一声，“你们都知道了真相，就没有再利用你们的必要了。我就让你们一起到海里喂鱼吧！”
他的话音刚落，清理大爷和小兰到了，老爷子恼怒扔出个垃圾瓶砸向春日，春日本能地闪避，藏在大石后的千钧飞跃而出，七夕剑闪过，春日的手枪变成2截，步美也被千钧趁势抱走，随后小兰飞奔而至，攻出侧旋踢，“我绝不原谅女人的敌人！”春日辉彦华丽地落在池穴中，侦探团一拥而上，擒住了昏迷的春日，“少年侦探团，大成功！”原来，柯南他们刚落水不久，千钧就已经赶到了，但是春日提前抓住了步美，千钧投鼠忌器，不敢轻举妄动。不过，他做好了最坏的准备，手中的枪瞄准着春日的头部。如果小兰他们晚来一步，性命不保地将是春日辉彦，而不会是吉田步美。
佐藤和高木早就接到了千钧的报警，飞驰赶到。刚好赶上收尾工作，让佐藤非常郁闷。高木非常高兴，将春日辉彦拷好后，塞入警车，一件功劳轻松拿到。佐藤吩咐高木去给孩子们做笔录，她负责小忍、小兰、千钧和毛利小五郎、清理大爷的笔录。高木苦笑着答应，他又要面对侦探团的夸张语言了。等到做完笔录，天已经黑了。佐藤和高木开警车离去，小忍眼里都是落寞。
毛利非常悲惨，被清理大爷抓住猛批一通。大爷没收了毛利侦探的钓具，然后把小五郎教训了一个钟头，因为满潮的时候湖面会跟着上升，池穴钓鱼是很危险的。柯南好笑，“谁让他去池穴钓鱼的！”千钧也道，“被人家骂也是活该！”小兰和侦探团一起嘲笑大叔爬在地上求饶的丑态。本来伤心的小忍，也露出笑容。
尾声，春日辉彦谋杀女友小忍未遂，绑架步美，意图杀死侦探团众人、毛利小五郎灭口，被法庭加重判处15年徒刑。少年侦探团破获涨潮洞窟谋杀事件，警视厅给以c级奖励，毕竟没有人死亡。柯南问千钧，“你为什么没有开枪？这可不像你……”千钧感慨，“还不是某人说过，不要轻易剥夺任何人的生命。再说了，目暮警部要是现我再次击毙犯人，肯定又要没收我的持枪证和所有枪械子弹。话说回来，那位大爷再晚一下，你应该知道春日的悲惨结局。”柯南露出笑容，想起了被千钧击毙的冲田，春日辉彦的运气真的很好。