第二天光绪帝率领恭亲王奕?、翁同龢等重臣由松云保驾离开金陵。临走之前，光绪帝命令肃亲王善琦及鄂泰带领人马留守金陵保护太后。
慈禧派人请来肃亲王，语重心长地对他说：“自咸丰皇帝驾崩以来，哀家与东太后（慈安太后）一起垂帘听政，至今已有三十余载，我也想让大清恢复往日的繁荣，故支持曾国藩、李鸿章等人进行洋务运动，以增强国力，永远立于不败之地，没想到啊!”叹了一口气。
肃亲王说：“你支持的洋务运动起到了很好的效果，没有什么要自责的啊！”
慈禧太后说：“你知道的，洋务运动时建立的海军，本应该在保卫国家时发挥作用，但是，在甲午战争中，北洋水师却一败涂地，你说这能是大清的寿数到了吗？”
肃亲王说：“虽然甲午海战我们失败了，但是第二次日本入侵，被我们打的落花流水屁滚尿流，日本人以失败告终，也算扳回来一局啊！”
慈禧太后说：“第二次日本人入侵辽东，我们取得了胜利，但是，如果没有唐峰率兵增援旅顺，我军很难取胜，不是吗？”
肃亲王说：“说是这样说，你说这个唐峰也是，皇帝让他坐镇东北，位列八大总督之一，官居一品，位极人臣，也算对他恩重如山了。没想到他居然造反了，竟然另立政府与大清分庭抗礼，简直不可理喻！”
慈禧太后说：“唐峰造反这个事怪我！”
肃亲王说：“这个事怪就怪唐峰忘恩负义，怎么会怪你呢？”
慈禧太后说“当年我不应该听康有为的建议，把唐峰给激怒了，应该逐渐削弱了唐峰的权利，他就没有理由造反了，也就不会有今天的局面了！”
肃亲王说：“事情都已经过去了，你也别自责了，现在再说这些也没有用了，唐峰部队现在正如日中天，他能收手吗？如果能放过我们清朝王室，让我们王室得到好的归宿就谢天谢地了，现在只能听之任之了！”
慈禧太后说：“祖上创下的大清帝国，到了我这里，难道就这样毁了吗？嗨！”
肃亲王说：“太后！别想那么多了，先说我们现在怎么办吧？”
由张智展率领的雷霆纵队第一集团军和由刘步蟾率领的第一舰队先后来到金陵城外安营扎寨，与已经赶到这里的第二集团军会师后。他们收到了雷霆纵队司令部发来的电报：根据战场形势的需要，现决定成立金陵前敌委员会，由刘伟晨任主任，张智展、杨国誉、顾竞文、刘步蟾任委员，由前敌委员会统一指挥金陵前线各部队作战。务必尽快攻占金陵。
把总司令部的电报宣读之后刘伟晨说：“各位！按照总司令的命令，接下来的作战行动，将由我统一指挥，希望大家能够精诚团结，齐心协力尽快拿下金陵，抓住光绪帝和慈禧，早日结束战争！”
刘伟晨接着说：“大军远道而来虽然舟车劳苦，但是事不宜迟，必须做好立即进入战斗状态的准备！”
雷霆纵队第一军在江云峰指挥下开始向汤山、栖霞山、牛首山一线的清军阵地发动了猛烈进攻。在陆军行动的同时，负责封锁江面的定远、镇远、福远等舰也向清军阵地开炮射击。
清军遭到攻击后，凭借坚固的防御工事负隅顽抗，虽然雷霆纵队的进攻被阻挡了，鄂泰分析战场形势后很不乐观，他认为雷霆纵队会加大攻势，防御阵地不会坚持多久，又不甘心放弃阵地，坚持下去会造成大量人员伤亡，放弃阵地会被别人认为临阵脱逃，是坚持，还是放弃，难以抉择啊？他皱着眉头在办公室里踱了两圈步之后，想到了不是办法的办法，就是再找一个人分担责任，大声说：“来人！去把肃亲王善琦请来！”
鄂泰经与肃亲王商议决定，由肃亲王在城内坐镇，鄂泰亲自赶到战况最紧急的栖霞山督促指挥战斗。
鄂泰到栖霞山前线阵地后，驻守的军官都围上来七嘴八舌的问怎么办？
鄂泰说：“弟兄们！你们是大清的军人，面对叛军应该镇定自若，怎么能如此慌乱啊？我们背后就是金陵城，皇上和太后就在城里（光绪帝离开金陵之前下令封锁消息，所以士兵们不知道他已经离开。）清廷对你们皇恩浩荡，你们应该精忠报国，为保卫皇上的安全，就要守住金陵城，要拼死守住阵地，要誓与阵地共存亡。大家有决心吗？”
有一个带头高喊：“誓与阵地共存亡！”其他人跟着附和，但是没有底气。
鄂泰听了很不满意，又大声问“有决心吗？”这次回答的声音很响亮。鄂泰说：“大家各自去准备迎战吧！”
刘伟晨在作战室商量破敌的对策，他说：“金陵城是六朝古都，周围地势险要，城防体系完备，夺取金陵城一定会有阻力，金陵城只能智取，不能强攻，大家出出主意，我们应该采取什么样的战略战术为好？”
顾竞文提议：“总参谋长！我建议让特战总队参加战斗，对敌人实施特种阻击战，重点射杀他们的指挥官、机枪手和炮兵观察员，以削弱他们的战斗力！”
姚顺雨说：“参谋长！我们可以在夜间突然发动进攻，他们夜间戒备肯定松懈，我们出其不意攻其不备，夜袭成功的可能性大些！”
刘伟晨听后沉思片刻说：“就按顾总队长和姚军长说的办，大家现在回去准备，今夜发动进攻！”
夜里三更天，雷霆纵队向清军阵地发动了进攻。这次他们改变了战术，在炮击结束后，出动了四辆坦克冲向敌军阵地。步兵和特战队员跟在坦克后面向清军阵地发起进攻。
清军发现雷霆纵队又开始进攻了，于是在工事里开枪开炮还击，鄂泰听到清军进攻的枪炮声后，穿好衣服骑马赶到阵地，看到双方争夺战很激烈，士兵不断有伤亡，但是阵地还在清军手里，立即鼓励士兵勇敢迎战，太阳升起来了，鄂泰一直在前线指挥部里督战，总算守住了阵地。
鄂泰正感到欣慰时，发现战场形势变了，雷霆纵队的进攻不那么激烈了，但是，伤亡却越来越多了，而且基本上都是头部中枪，一枪毙命，心里想，怎么会这样啊？枪法也太准了吧？抬头往雷霆纵队进攻的方向看了看，对身边的军官说：“为什么会这样？你们对此事怎么看啊？”
这时，雷霆纵队的狙击手发现了鄂泰在那里指指点点，猜想可能是个头目，于是朝他开了一枪，子弹击中了鄂泰的右肩，他下意识的用左手去捂伤口，手中的手枪也掉到了地上。卫兵看到他受伤了，立即保护他撤出了阵地。
鄂泰受伤后，清军阵地发生了慌乱，有的士兵向后撤退，雷霆纵队趁着清军慌乱发起猛烈进攻，清军兵败如山倒，像受惊的兔子一样四散奔逃，雷霆纵队占领了栖霞山。
就在雷霆纵队第一军在栖霞山与清军激战的时候，第十一师在师长段祺瑞指挥下也向位于雨花台的清军阵地发动进攻。
驻守雨花台的清军将领李成，曾在河间大营与雷霆纵队交过手，河间大营失守后，他总结了经验和教训，发现雷霆纵队的优势是战车、火炮、快枪（自动步枪），而且这些优势在近战中无法有效的发挥。由于有这些经验，在和段祺瑞部交战的过程中，李成组织敢死队，拿着大刀和手榴弹向段祺瑞部发起冲锋，然后进行近战肉搏，段祺瑞部刚刚投降，还没来得及换装，缺乏自动武器，无法在远距离上大量杀伤敌人，在这种情况下，段祺瑞只得命令部队上刺刀和敌人近战，于是双方展开了肉搏战，各有伤亡。
段祺瑞派援军支援后，双方脱离搏斗，段祺瑞和军官们聚在一起商讨破敌之策的时候，一个卫兵向他报告说：“段将军！第二军姚军长来了！”
段祺瑞听后高兴的说：“快请姚军长进来！”
姚顺雨大步走进指挥部，给段祺瑞敬了一个军礼后接着说：“段将军！根据刘参谋长的命令，第二军接替第十一师继续进攻雨花台阵地，你的部队可以撤下去休整了！”
段祺瑞听后喊来副师长，让他带着部队撤下去休整，然后对姚顺雨说：“姚军长！我和对面的敌人打了一天，对他们的战术比较了解，可以留下来协助你指挥战斗！”
姚顺雨说：“谢谢段将军！”
段祺瑞说：“姚军长！在上午的战斗中，敌人两次组织敢死队向我们发起冲锋，两军近战之后，我军的火炮等重型武器根本无法发挥作用，必须另想办法！”
姚顺雨说：“这种战术早在攻打河间大营的时候我就见过，只要有足够的自动武器和弹药，敌人的行为就和送死差不多！”
段祺瑞说：“第二军是我军精锐，装备精良，训练有素，官兵实战经验丰富，第十一师不能与之相提并论！”
姚顺雨说：“段将军！精兵都是在战场上锻炼出来了，你的部队战斗力不弱，只是装备上有些落后。此战结束后，总司令就会把袁将军（袁世凯）带过来的部队调回后方补充整训，到时候会按统一的标准给你们配发武器装备！”
第二师参谋长走进指挥部，向姚顺雨报告说：“军长！各部队已做好战斗准备，是否开始攻击，请指示！”
姚顺雨说：“传我命令，立即开始攻击，告诉弟兄们要尽量避免和敌人近战，要充分发扬火力的优势，用子弹和炮弹和敌人说话！”
“是！”参谋长给姚顺雨敬了一个军礼，转身跑出去传达命令。
二师炮兵营和配合第二军行动的炮兵第五团接到命令后，立即忙碌起来。一枚枚炮弹飞向敌军阵地，战场上硝烟弥漫地动山摇，就像末日要来临一样。
清军李成看到如此情况后，对卫兵说：“命令部队注意隐蔽，等敌人冲上来之后，再用近战打败他们！”
清军接到命令后，全都躲在战壕里待命。
炮击结束后，姚顺雨挥手说：“传我命令，开始进攻。”突击队员率先发起冲锋，其他部队紧紧地跟在后面。冲到距离清军阵地还有五十米的时候，躲在战壕里清军敢死队员突然跳出战壕，向雷霆纵队发起反击。
雷霆纵队的战士们早有防备，立即开枪扫射，投掷手雷，阵地上响起了激烈的枪声和手雷的爆炸声，雷霆纵队的子弹就像扫帚一样，密集的扫向清军，冲在前面的几个清军敢死队员纷纷中枪倒地，其他人发现这一情况后掉头就跑。
有人向李成报告说：“大人！敌人火力太猛了，我们根本冲不上去。”李成说：“改变战法，不要硬冲了，守在阵地上伺机消灭敌人！”
雷霆纵队第十一师配合第二军进行又一轮攻击。战斗持续到当天下午，攻占了雨花台阵地。
金陵城外围的所有阵地先后被雷霆纵队攻破，雷霆纵队二十万大军把金陵城团团围住。